王在晋和孙承宗一直是不对付的，一旦孙承宗起复会严重威胁他的地位，他和孙承宗的矛盾还要源于天启朝的一次奏对，当时王在晋想要在山海关边上再修一座关城，而孙承宗以劳民伤财为由强烈反对。
孙承宗诘问王在晋，等八里铺重城修好了，是否把旧城现有的四万人都填进去守？
王在晋答，要另外派四万。孙承宗又问，旧城外为新城，旧城外的品坑地雷为敌人设，还是为自己设？新城如守不住，四万新兵怎么办？
王经略回答说，他在山上留了三座山寨给溃军。
孙承宗三问，兵未溃而筑寨以待之，不是教他们溃败吗？
孙承宗说：“今不为恢复计，划关而守，将尽撤藩篱，日哄堂奥，畿东其有宁宇乎！”之后王在晋无言以对，谈话就此结束。
自此之后两人就结下了梁子，王在晋一直在朝中诋毁孙承宗，果然一听韩爌提到孙承宗的名字，王在晋条件反射的反对了起来。
韩爌反驳道：“王尚书，那些都是阉党的污蔑之言，你是一品大臣，怎么能偏听偏信呢？”
韩爌不提阉党还好，一提阉党，崇祯皇帝来劲了，“王尚书，朕看你累了，就召孙督师入京看看他有什么计策吧。”
王在晋知道崇祯极为痛恨阉党，既然是阉党打压的人在崇祯看来一定是忠臣良将，王在晋知道自己说错话了，瘫软在地不发一言。
下午孙承宗就赶到了金銮殿，崇祯立刻召集大臣们议事，孙承宗年近七旬须发皆白，因此时并无官身，所以特地穿白袍上殿，崇祯赐座，他也不坐，昂首站立奏对道：“陛下，诸位大人，孙某以为，在阁老说的基础上应有如下三策，第一立刻戒严京师，将京师禁军，御林军，锦衣卫甚至包括各人府中家丁全部整训，清点人数后交由兵部合理分配，另外将三大营调入京师，加强防御，京师地广，城墙过长，必须保证每一面都有充足的兵力守卫，防止建虏强攻一点。”
“唔，不错，不错，孙督老成谋国。”众人纷纷点头道。
“第二，陛下应当立刻颁下诏书，调集天下兵马起兵勤王，目前离京师最近的是宣府侯世禄和大同的满桂，二人麾下皆有数万精兵，可急召二人勤王。勤王诏书以八百里加急的方式立刻传出，短期内能召集到多少兵马就召集多少兵马，多一分力量总是好的。”孙承宗道。
崇祯即刻扭头命令王承恩准备纸笔，朝会一结束就立刻拟旨，号召天下兵马勤王。
“孙督师，那第三策呢？”崇祯急忙问道。
“恕孙某直言，今奴贼入关，形势十万火急，光是依靠官军恐无法做到万无一失，如果奴贼不攻京师而劫掠地方该当如何，内地兵马孱弱，奴贼尽是马队，若是弃坚城于不顾，专事内地劫掠恐大明危矣，臣久在边关奴贼习性也是熟知，要说此次兴兵来犯打了多少京师的主意恐怕不可信，但是奴贼每次叩关都不会空手而归，此次皇太极亲征必是全国精锐尽出，完全可以分兵劫掠，我大明百姓恐遭大难，当立刻下诏允许地方大练民团，保家卫国，免我大明百姓遭受涂炭之灾！”孙承宗一揖到地，叩首道。
崇祯连忙从龙椅上站起，亲自走下台阶扶起孙承宗道：“老督师，真乃国之栋梁也。”当日崇祯全盘采纳孙承宗计策，加封孙承宗为太子少师，兵部尚书，罢王在晋职。
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